Το κύριο καθήκον των Οικονομικών Διαχειριστών είναι η οικονομική διαχείριση όλης της αποστολής, δηλαδή για το σύνολο των προγραμμάτων που πραγματοποιούν οι MSF σε μια χώρα. Έχουν την ευθύνη και τον έλεγχο του προϋπολογισμού και της χρηματοδότησης, την οικονομική διαχείριση και μισθοδοσία και την προετοιμασία οικονομικών αναφορών και εκθέσεων. Ως μέλη της ομάδας συντονισμού και διοίκησης της αποστολής οι Οικονομικοί Διαχειριστές εκπροσωπούν τους MSF και συνεργάζονται με άλλες ΜΚΟ και αρμόδιους φορείς και αρχές της χώρας για θέματα που εμπίπτουν στην περιοχή ευθύνης τους.