Οι Γιατροί Χωρίς Σύνορα παρέχουν ιατρική και ανθρωπιστική βοήθεια σε αιτούντες άσυλο, πρόσφυγες και μετανάστες στην Ελλάδα από το 1996. Το 2015, διεύρυναν τις δραστηριότητές τους στην Ελλάδα για να καλύψουν τις ανθρωπιστικές ανάγκες των ανθρώπων που μετακινούνταν και έφταναν στη χώρα. Οι Γιατροί Χωρίς Σύνορα πραγματοποίησαν επείγουσες παρεμβάσεις στη Λέσβο, τη Σάμο και τη Χίο, καθώς και στα Δωδεκάνησα, την Αθήνα και την Ειδομένη στην παραμεθόριο, παρέχοντας ιατρική φροντίδα και φροντίδα ψυχικής υγείας, στέγη, νερό και εγκαταστάσεις υγιεινής και διανέμοντας είδη πρώτης ανάγκης σε πρόσφυγες και μετανάστες. Από τον Δεκέμβριο του 2015 έως τον Μάρτιο του 2016, οι Γιατροί Χωρίς Σύνορα πραγματοποιούσαν επιχειρήσεις έρευνας και διάσωσης που έσωζαν ζωές στο Αιγαίο, στα ανοιχτά της Λέσβου, και παρείχαν ιατρική βοήθεια στα σημεία αποβίβασης.
Σήμερα οι Γιατροί Χωρίς Σύνορα παραμένουν στην Ελλάδα, για να παρέχουν ιατρική φροντίδα και φροντίδα ψυχικής υγείας σε μετανάστες στην Αθήνα, τη Λέσβο και τη Σάμο.