Οι Γιατροί Χωρίς Σύνορα είμαστε ιατρική οργάνωση και η καταπολέμηση των επιδημιών αποτελεί βασικό κομμάτι της δράσης μας. Οι ομάδες μας αντιμετωπίζουν επιδημίες χολέρας, μηνιγγίτιδας, ιλαράς, ελονοσίας και άλλων μολυσματικών ασθενειών που εξαπλώνονται γρήγορα και μπορεί να αποβούν μοιραίες αν δεν τεθούν υπό έλεγχο. Αντιμετωπίζουμε επίσης ξεχασμένες ασθένειες όπως το Κάλα-Αζάρ, η ασθένεια του Ύπνου και το Τσάγκας, ασθένειες που πλήττουν κυρίως τους φτωχότερους ανθρώπους του κόσμου και για τις οποίες υπάρχουν λίγες αποτελεσματικές θεραπείες.
Την τελευταία δεκαετία οι Γιατροί Χωρίς Σύνορα συμβάλλουμε επίσης στην αντιμετώπιση της πανδημίας του ιού HIV και της φυματίωσης, η οποία είναι η κύρια αιτία θανάτου για τα άτομα με HIV / AIDS. Στην επιδημία του ιού Έμπολα που ξέσπασε στη Δυτική Αφρική τον Μάρτιο του 2014 και στοίχισε τη ζωή σε περισσότερους από 10.000 ανθρώπους, οι Γιατροί Χωρίς Σύνορα ηγηθήκαμε της διεθνούς ανταπόκρισης. Από την αρχή της επιδημίας δεχθήκαμε στα κέντρα αντιμετώπισης του Έμπολα περισσότερους από 8.100 ανθρώπους, μεταξύ των οποίων περίπου 5.000 επιβεβαιωμένα κρούσματα.
